Jakarta se trouve sur la côte Nord-Ouest de Java. La ville est implantée sur les deux rives de l'estuaire de la rivière Tjiliwung. L'île de Java s'étire d'Est en Ouest sur plus de 1000 km, pour une superficie de 138 800 km2 avec l'île voisine de Madura et d'autres petites îles. Son climat est équatorial.